Huyện Đắk Glong được thành lập vào ngày 27 tháng 6 năm 2005 trên cơ sở đổi tên từ huyện Đắk Nông cũ, sau khi tách một phần diện tích và dân số để thành lập thị xã Gia Nghĩa.[1]

Khi mới thành lập, huyện có 6 xã: Quảng Khê, Đắk Ha, Đắk R'Măng, Đắk Plao, Đắk Som, Quảng Sơn.

Ngày 18 tháng 10 năm 2007, thành lập xã Quảng Hòa trên cơ sở điều chỉnh 8.665 ha diện tích tự nhiên và 3.721 người của xã Quảng Sơn[3].

Ngày 6 tháng 7 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết 28/NQ-CP[4]. Theo đó:

• Giải thể xã Đắk Plao (do địa bàn nằm trong hồ thủy điện Đồng Nai 3) và điều chỉnh toàn bộ 22.974 ha diện tích tự nhiên, 712 người của xã Đắk Plao về xã Đắk Som quản lý
• Thành lập xã Đắk Plao (mới) trên cơ sở điều chỉnh 10.480 ha diện tích tự nhiên của xã Quảng Khê và 2.113 người còn lại của xã Đắk Plao cũ
• Điều chỉnh 3.108 ha diện tích tự nhiên của xã Quảng Sơn về xã Đắk R’măng quản lý.

Huyện Đắk Glong có 7 xã trực thuộc như hiện nay.